1、觀察透射電鏡狀態，看設備是否正常運行，觀察真空值，看是否在合理范圍內。
2、更換樣品。將制備好的透射電鏡樣品放入樣品桿前端樣品槽內，將金屬壓片壓在樣品上，用工具擰好固定螺絲，將樣品固定牢靠。注意樣品一定要保持干凈，樣品上有膠、小顆粒等臟東西的樣品不能更換，否則會污染樣品桿，進而可能會污染透射電鏡鏡筒。微珊樣品一定要等水干透再更換樣品。將金屬壓片固定時，不可將螺絲擰的過緊，否則會造成壓片機械疲勞過大，縮短其使用壽命。
3、將樣品桿放入透射電鏡中。將樣品桿上的定位銷對準透射電鏡測角臺凹槽處，水平方向慢慢將樣品桿推入測角臺，注意一定不要使用蠻力，否則會損壞測角臺。樣品桿推入部分，等待樣品桿抽真空，綠燈亮時說明真空值符合要求，這時再等5分鐘左右，再將樣品桿推入。
4、推入時需要先后進行30°及60°轉動樣品桿的操作，在操作過程中，由于透射電鏡內部是負壓，因此不需要用手推，只需要抓住樣品桿，讓透射電鏡吸進去即可。如出現阻塞，還不是很流暢的情況，則需要注意是否桿身有磨損，兩個橡皮圈(O圈)是否有磨損，切不可用蠻力將樣品桿插入，嚴重的可能會損傷透射電鏡極靴，造成無法彌補的損失。
